Vstoupíte-li do weidenského kostela sv. Josefa hlavním vchodem, váš pohled upoutá mohutná apsida s nádhernou malbou v převládající zlaté a modré barvě. Jedná se o takzvaný trůn milosrdenství: svatá trojice znázorňuje Krista jako krále, nikoliv jako trpícího. Kříž přesahuje okraj obrazu a symbolizuje tak úlohu Krista jako zprostředkovatele mezi Bohem a lidmi.

Mezi okny apsidy se nachází postavy apoštolů označené nápisy, doplněné vlysem s motivem andělů; níže jsou znázorněni andělé – jeden s obětní mísou, druhý s vítězným věncem symbolizujícím věčný život.

Mezi oběma okny zobrazujícími sv. Sebastiana a Michaela je socha sv. Josefa, patrona kostela. Pro obklad v kostele, apsidách v transeptech se použil mramor z Kiefersfeldu. Tento materiál se použil i na hlavním oltáři a kazatelně. Zbytek hlavního oltáře o šířce čtyř metrů tvoří pozlacená měď. Architekt Schott jej navrhl jako středověký relikviář, s věží tabernákulu ve středu a symboly čtyř evangelistů.

Autorem reliéfů je mnichovský sochař Georg Albertshofer a jsou věnovány tématice tajemství radostného růžence: zvěstování, navštívení, narození Ježíše Krista, obětování v chrámě, nalezení v chrámě.

V severním klenbovém poli jsou umístěny busty čtyř církevních otců sv. Augustina, sv. Jeronýma, sv. Ambrože a sv. Jana Zlatoústého, které tvoří jedinečné spojení latinských a řeckých církevních otců. Vlevo je zobrazen Ježíš Kristus jako přítel dětí. Na hlavním chóru vlevo je Matka Boží s dítětem, které andělé vzdávají úctu hudbou a květy a nad kterou andělé drží korunu. Oproti je zobrazen křest Ježíše Krista, který je považován za začátek veřejného působení. Pod tím je zobrazen velmi kuriózní výjev: dva profily hlav, které se naklání k sobě ve vzájemné hádce. Nejde přitom o křesťanský motiv: Zobrazují weidenského faráře Maxe Josefa Söllnera a umělce Franze Hofstöttera, jejichž názory se často rozcházely.

Oltáře v apsidách v transeptu zobrazují postavu Ježíše Krista podle zjevení sv. Margity Marie Alacoque, vlevo sv. Františka Saleského, vpravo Bernarada z Clairvaux. Stavitel kostela Max Söllner je pochovaný v kryptě před oltářem. Sousoší ukřižování v této apsidě nepochází z období vytvoření, ale je jediným pozůstatkem starého simultánního kostela. Korpus pochází ze 17. století, Bolestná Matka Boží je připisována Ignazovi Güntherovi (1725-1775) z Altmannsteinu.

Pravý oltář je věnován škapulířovému bratrstvu, které existovalo již před výstavbou kostela. Při procházce se Joachimovi a Anně ve střední části zjevuje Matka Boží s dítětem, které podává škapulíř sv. Šimonovi Stockovi. Pod tím je devět malých postav světců, kteří byli vybráni podle křestních jmen dárců, jenž přispěli na stavbu kostela. V apsidě se nachází i pamětní tabule se jmény padlých v 1. světové válce, doplněné v roce 1976 šesti bronzovými tabulemi se jmény padlých ve 2. světové válce od Güntera Mauermanna.

Změna nastává v transeptu: Zařízení ve třech chórech se soustřeďuje na Starou a Novou smlouvu; jsou zde zobrazeny vize konce světa a posledního soudu, které vrcholí příchodem čtyř jezdců apokalypsy v křížové klenbě. Ve středu se vznáší čtyři apokalyptické bytosti, orel, lev, býk a člověk, které byly přiřazeny evangelistům jako symboly, a každá z nich má šest křídel. Pod každou z nich je jeden z apokalyptických jezdců s lukem a věncem. Postavy v rozích symbolizují strach lidí.
Pod nimi mohutní štukoví andělé, kteří jakoby podpírali klenbu jako Titán Atlás podpírající nebe. Apokalyptické vize se naplňují v oslavě beránka zobrazeného v kalotách obou apsid transeptu vpravo: Výjev při otvírání páté pečeti: znak kříže na hořících schodech. Vlevo je interpretována věčná sláva nebe: ve středu zlatý trůn, na kterém zasedal Beránek Boží. Kolem trůnu jsou shromážděni andělé a starší, aby oslavovali Beránka. Před ním je „velký zástup ze všech národů a kmenů ...“. Jsou oblečeni do bílého roucha, s palmovými větvičami v rukách.

Empora pro varhany je bohatě zdobená, dominuje jí mohutný anděl v typickém secesním stylu, který zdviženýma rukama podepírá stojan na noty. Nachází se zde i busty sv. Cecílie, patronky duchovní hudby, a sv. Gregora.

V bočních lodích je výzdoba skromnější. 16 barevných vitráží zobrazuje křížovou cestu, Krista na Olivové hoře a Kristovo vzkříšení. Nad bočními vchody jsou malby zobrazující sv. Josefa: odpočinek během útěku na faru, naproti: kolem sv. Josefa se shromáždili členové farnosti s Maxem Söllnerem a prosí o ochranu svého kostela.

Speciální ikonografie kostela vychází z teologických poznatků ludwigsthalského faráře Johanna Wolfgrubera, jehož kostel kompletně vyzdobil malbami umělec Hofstötter 1896 do 1901. Musel být velmi vzdělaný. „Program“, který církev předložila, se soustředil zejména Krista, který stojí v centru všeho jako Bůh a člověk. Název souhrnného motta: „Obraz Krista, našeho Pána Boha“. Úvod tvoří předcházející témata Starého zákona v chrámové lodi, přes jeho vtělení a působení na zemi v chóru až po jeho zjevení jakou součást Nejsvětější Trojice, která určuje náš život v chórové apsidě. Církevní učitelé a apoštolové vystupují jako svědkové jeho božství. V transeptu následují vize budoucnosti s vizemi posledního soudu po apokalypse.

Kostel sv. Josefa je ve své celistvosti, i po stránce architektury a výzdoby interiéru považován za jedinečnou secesní sakrální stavbu.