Wenn man die Weidener Josefskirche durch den Haupteingang betritt, so wird der Blick von der gewaltigen Apsis mit ihrer prächtigen Malerei, vorwiegend in Gold und Blau angezogen. Es handelt sich dabei um einen so genannten Gnadenstuhl: die Dreifaltigkeit ist dargestellt mit Christus als König, nicht als Leidendem. Das Kreuz geht über den Bildrand hinaus und zeigt so die Vermittlerrolle Christi zwischen Gott und den Menschen.

Zwischen den Apsisfenstern befinden sich Ganzfiguren der Apostel mit Inschriften bezeichnet, begleitet von einem Fries von Engeln, darunter Engel, einer davon mit einer Opferschale, ein anderer mit dem Siegerkranz des Ewigen Lebens.

Zwischen den beiden Fenstern, darstellend die Heiligen Sebastian und Michael findet sich die Figur des Kirchenpatrons, des hl. Josef. Kiefersfelder Marmor wurde zur Verkleidung mit benutzt, auch in den Apsiden in den Querhäusern. Dieses Material fand auch beim Hochaltar und bei der Kanzel Verwendung. Ansonsten besteht der vier Meter breite Hochaltar aus vergoldetem Kupfer und wurde vom Architekten Schott wie ein mittelalterlicher Reliquienschrein gestaltet, in der Mitte ein Tabernakelturm, in den Predellen befinden sich die vier Evangelistensymbole.

Die Reliefs stammen vom Münchner Bildhauer Georg Albertshofer und haben die Geheimnisse des freudenreichen Rosenkranzes zum Thema: Verkündigung, Heimsuchung, Geburt Christi, Darbringung im Tempel, Auffindung im Tempel.

Im nördlichen Joch befinden sich Büsten der vier Kirchenlehrer Augustinus, Hieronymus, Ambrosius und Chrysostomos in eigenartiger Vermischung der lateinischen und griechischen Kirchenväter. Links ist Christus als Kinderfreund dargestellt. Im Hauptchor erscheint dann links auch noch die Muttergottes mit Kind, der die Engel mit Musik und Blumen huldigen und über der die Engel eine Krone halten. Gegenüber ist die Taufe Jesu im Jordan dargestellt, also der Beginn seines öffentlichen Wirkens. Darunter dann eine sehr kuriose Erscheinung: zwei Profilköpfe, die sich einander im Disput zuneigen. Dies ist nichts Christliches: Es handelt sich dabei um den Weidner Stadtpfarrer Max Josef Söllner und den Künstler Franz Hofstötter, die sich ja beileibe nicht immer einig waren.

Die Altäre in den Apsiden im Querhaus zeigen eine Herz-Jesu- Figur nach der Vision der heiligen Margareta Maria Alacoque, links den hl. Franz von Sales, rechts Bernhard von Clairvaux. Vor dem Altar ist in einer Gruft der Erbauer der Kirche, Max Söllner, begraben. Die Kreuzgruppe in dieser Apsis stammt nicht aus der Entstehungszeit, sie ist der einzige Bestandteil aus der alten Simultankirche. Der Corpus wird mit 17. Jahrhundert datiert, die Schmerzhafte Muttergottes wird Ignaz Günther (1725-1775) aus Altmannstein zugeschrieben.

Der rechte Altar ist der Skapulierbruderschaft gewidmet, die schon vor dem Bau der Kirche bestand. Flaniert von Joachim und Anna erscheint in der Mitte die Muttergottes mit dem Kind, die dem hl. Simon Stock das Skapulier überreicht. Darunter sind neun kleine Heiligenfiguren, die nach den Vornamen der Stifter für den Kirchenbau ausgesucht wurden. Auch sind in der Apsis noch Platten mit den Namen der Gefallenen des Ersten Weltkriegs angebracht, 1976 ergänzt durch sechs Bronzeplatten mit den Gefallenen des Zweiten Weltkriegs von Günter Mauermann.

Im Querhaus erfolgt die Veränderung: in den drei Chören konzentrierte sich die Ausstattung auf den Alten und den Neuen Bund, nun erscheinen Visionen der Endzeit und des Jüngsten Gerichts, gipfelnd in den vier Reitern der Apokalypse im Vierungsgewölbe. In der Mitte schweben die vier apokalyptischen Wesen Adler, Löwe, Stier und Mensch, die auch den Evangelisten als Symbole zugeteilt sind und die je sechs Flügel tragen. Unter ihnen erscheint je einer der apokalyptischen Reiter, mit Bogen und Kranz. Die Figuren in den Ecken symbolisieren die Angst der Menschen.
Darunter mächtige Engel aus Stuck, die wie die Atlanten das Gewölbe zu tragen scheinen. Die apokalyptischen Visionen erfüllen sich in der Verherrlichung des Lammes, die in den Kalotten der beiden Querhausapsiden dargestellt sind, rechts: Szene bei der Öffnung des fünften Siegels: das Zeichen des Kreuzes auf brennenden Stufen. Links wird die ewige Herrlichkeit des Himmels interpretiert: in der Mitte ein goldener Thron, auf dem das Lamm Gottes Platz genommen hat. Um den Thron sind die Engel und Ältesten versammelt, die sich zum Lobpreis des Lammes versammelt haben. Davor reiht sich die „große Schar aus allen Nationen und Stämmen ...“. Sie tragen weiße Kleider und Palmzweige.

Reich verziert ist die Orgelempore, beherrscht von dem mächtigen Engel im typischen Jugendstil, der mit erhobenen Händen ein Notenpult stützt. Auch die Büsten der heiligen Cäcilia, der Patronin der Kirchenmusik, und des heiligen Gregor finden sich dort.

In den Seitenschiffen ist nur sparsamer Schmuck verwendet, die 16 farbigen Glasfenster zeigen die Kreuzwegstationen plus Christus am Ölberg und der Auferstehung. Über den Seiteneingängen sind Gemälde mit Bezug zum hl .Josef: Ruhe auf der Flucht zum Pfarrhof hin, gegenüber: um den hl. Josef scharen sich Mitglieder der Kirchengemeinde mit Max Söllner und bitten um Schutz für ihre Kirche.

Die besondere Ikonographie der Kirche beruht auf dem theologischen Wissen des Ludwigsthaler Pfarrers Johann Wolfgruber, dessen Kirche Hofstötter 1896 bis 1901 vollständig ausgemalt hatte. Er muss hoch gebildet gewesen sein. Das durchgehaltene „Programm“ der Kirche bezieht sich grundsätzlich auf Christus, der als Gott und Mensch im Mittelpunkt steht. Titel des Gesamtmottos: „Das Bild Christi unseres Gottes“. Die Hinführung erfolgt durch Vorläuferthemen des Alten Testaments im Langhaus über seine Menschwerdung und sein Wirken auf Erden im Chor bis zu seiner Erscheinung als Bestandteil der Dreifaltigkeit, die unser Leben bestimmt, in der Chorapsis. Als Zeugen für seine Gottheit erscheinen die Kirchenlehrer und die Apostel. Im Querhaus dann die Visionen der Zukunft mit den Visionen des Jüngsten Gerichts nach der Apokalypse.

Grundsätzlich ist die Josefskirche in ihrer Geschlossenheit, auch von Architektur und Innenausstattung her, als ein einmaliges sakrales Bauwerk des Jugendstils anzusehen.